Durante gli scavi condotti per il restauro del monastero è emersa una precedente struttura romualdina, caratterizzata da un impianto di ispirazione ravennate e da quattro torri, segno di un’impostazione architettonica complessa e raffinata. Dell’antica chiesa rimane una suggestiva cripta, che conserva un affresco raffigurante la Madonna con Bambino, databile tra il 1280 e il 1330.
Il museo, ospitato in una stanza adiacente alla chiesa di San Salvatore (XIII secolo), raccoglie principalmente materiali emersi durante gli scavi: frammenti di vasellame, probabilmente risalenti all’epoca romana e paleocristiana, finora mai catalogati. L’edificio era un tempo parte dell’antico monastero, fondato, secondo la tradizione, da San Romualdo nell’XI secolo ma in gran parte distrutto.